Відділ "Місія Церква і медицина" при Священному Синоді Української Православної Церкви утворено рішенням Священного Синоду від 14 грудня 2007 року, Журнал № 116. Першим головою Синодального відділу був призначений Преосвященний Лука (Коваленко), єпископ Васильківський, вікарій Київської Митрополії.

22 листопада 2008 року рішенням Священного Синоду Української Православної Церкви Журнал № 13, головою Синодального відділу «Місія Церква і Медицина " протоієрей Геннадій Батенко.

Рішенням Священного Синоду від 10 лютого 2011 року Журнал № 6 вирішено об'єднати Синодальний відділ «Місія Церква і медицина» та Синодальний відділ «Місія соціальної допомоги дітям» у Синодальний відділ з питань охорони здоров'я та пастирської опіки медичних закладів. Головою Синодального відділу у справах медицини призначено Преосвященного Філарета, єпископа Дрогобицького, вікарія Львівської єпархії.

Відділ створений з метою відродження духовної церковної традиції медичної школи, збереження генофонду нації, поширення і реалізації широкого спектру програм Української Православної Церкви у сфері охорони здоров'я та душ-пастирської опіки хворих і лікарів.

Основними напрямками діяльності Відділу є розробка і втілення пріоритетних програм, спрямованих на вирішення проблем, пов'язаних з усебічним розвитком медичної сфери, допомогою і захистом прав людини з моменту зародження і протягом усього його земного життя

За час діяльності Відділу проведено низку зустрічей та консультацій з лікарняними і православними священиками лікарями з метою об'єктивного аналізу ситуації і вироблення стратегії діяльності за пріоритетними напрямами. Ведеться статистика лікарняних парафій у єпархіях, накопичується досвід вдалих церковно-медичних проектів.

У процесі підготовки концепції діяльності вивчався досвід співпраці Церкви і медицини за кордоном. З благословення Блаженнішого Володимира, Митрополита Київського і всієї України, Україну відвідав Голова департаменту охорони Здоров'я при Грузинської Патріархії Православної Церкви ігумен Адам (Ахаладзе).

Також вивчався досвід діяльності Синодальних відділів Української Православної Церкви з благодійності та соціального служіння та соціальної допомоги дітям.

В області паліативної допомоги (духовної і медичної допомоги невиліковно хворим), поряд з існуючими хоспісами, ведеться співпраця з Асоціацією паліативної допомоги — організовується система спільної підготовки доглядальниць патронажної служби "Милосердя" для роботи з хворими на дому.

Керівники і співробітники Відділу брали участь в роботі ряді медичних конференцій і семінарів, що проходили у Києві, Харкові, Полтаві, Вінниці, Миргороді, Тбілісі, Римі, Москві, Твері, Санкт-Петербурзі та інших містах.

Синодальний відділ представляє Українську Православну Церкву на Круглих столах і міжконфесійних нарадах у Міністерстві охорони здоров'я України, члени відділу беруть участь у роботі Громадської ради при Міністерстві, завданням якої є представлення позицій Церков і релігійних організацій у всіх питаннях охорони здоров'я.